Na quarta temporada, a família prepara uma ida ao jardim zoológico. Enquanto Malcolm resmunga que o mundo é um lugar cruel, Hal chateia-se por causa dos cupões de desconto para o Zoo que Lois recebeu do seu ex-namorado Matt (Tim DeKay), que lá trabalha. Já no Zoo, Lois pede a Malcolm que tome conta do irmão Dewey enquanto os pais assistem a um espectáculo de animais exóticos, mas Malcolm e Dewey acabam por cair na jaula dos tigres e Reese (Justin Berfield) é perseguido por uma cabra.

A primeira semana de Malcolm como aluno do liceu não corre como este esperava: Hal e Lois decidem oferecer-se como voluntários para ajudar na escola. A humilhação começa quando o casal deixa Malcolm e Reese na escola, despedindo-se dos irmãos em frente ao grupo de cheerleaders do liceu. Os pais de Malcolm vão falar com o director e este distribui funções: o casal vai ser responsável pela distribuição de formulários de saúde aos alunos.

Esta temporada vai acompanhar o crescimento de Malcolm e os seus irmãos enquanto atravessam a difícil fase do ‘armário’ e enfrentam situações hilariantes que chegam com a entrada na escola secundária, com os novos trabalhos e até mesmo com as namoradas. Como se já não estivessem ocupados o suficiente com os problemas dos seus quatro filhos, Lois (Jane Kaczmarek) e Hal (Bryan Cranston) vão ser pais pela quinta vez. E como uma história que se repete, Malcolm e a família vão entrar numa outra viagem alucinante através das situações familiares mais cómicas.

A 5.ª temporada, na qual a série vai celebrar o 100.º episódio, vai continuar a acompanhar as aventuras e desventuras hilariantes de Malcolm e da sua divertida família enquanto lutam com a vida e entre eles.

Na 6ª temporada vamos poder encontrar Malcolm a enfrentar com êxito a vida no liceu enquanto Reese (Justin Berfield), o irmão do meio que não se cansa de implicar com os irmãos, vai ter de lidar com a sua vida depois do final da sua falhada carreira militar. O pequeno Dewey (Erik Per Sullivan), o irmão mais novo da família, está a tentar adaptar-se ao seu novo papel como líder de um grupo rebelde da sua turma concebida essencialmente para estudantes com necessidades especiais. Já Francis (Christopher Masterson), irmão mais velho de Malcolm, volta a casa para revelar algumas novidades chocantes enquanto o casal, Hal (Bryan Cranston) e Lois (Jane Kaczmarek), os pais que têm a difícil tarefa de gerir esta família, continua a vida atribulada de ter de cuidar do novo bebé, de encarar o desemprego e enfrentar a tarefa diária de tentarem estar um passo à frente dos seus filhos.